Метку нужно сделать с противофазой на одном канале, а при распознавании делать вычитание каналов, тогда основной сигнал будет почти заглушен, а метка наоборот станет громче, что повысит качество её распознавания. Т.е. на стерео совсем избавиться от слышимости метки не получится, но её можно сделать потише, чтобы она сильно не выделялась. А на моно, при сложении каналов, её практически не будет слышно. Но нужно чтобы софт, который у вас будет распознавать, поддерживал вычитание каналов при распознавании метки, не все это могут.